Die Dateien3), die ausgetauscht werden sollen, müssen eine höhere Dateiversion4) erhalten, ansonsten werden sie nicht überschrieben.
1)
die allerdings ab .Net 4.5/Visual Studio 2012 durch InstallShield Limited Edition abgelöst wird. Das soll alle Funktionen des vorherigen Setups beinhalten
2)
Visual Studio schlägt vor, den ProductCode zu ändern wenn die Versionsnummer verändert wird - einfach annehmen